Studenti doktorských studijních programů mohou získávat finanční prostředky na svůj výzkum pomocí domácích i zahraničních institucí projektovými žádostmi či reakcemi na nabídky vědeckých stáží. Kromě těchto soutěžních prostředků pak mohou doktorandi obdržet také stipendia, jež poskytuje Univerzita Karlova, zejména doktorandské stipendium, které přináleží měsíčně všem studentům v prezenční formě studia po jeho standardní dobu.