Doktorské studijní programy nabízejí nejvyšší formální vzdělání, jehož hlavní charakteristikou je individualizovaná forma a samostatná vědecká aktivita ve zvoleném oboru ve spolupráci se zkušeným školitelem pod dohledem oborové rady. Tato osvědčená podoba studia je přípravou nejen pro další vědeckou kariéru, ale i pro vysoce kvalifikované působení v celé řadě dalších povolání.

Univerzita Karlova patří mezi nejvýznačnější poskytovatele doktorského vzdělání v České republice – třetina všech doktorandů v ČR studuje právě zde. A také proto UK dlouhodobě považuje doktorské studium za jednu ze svých hlavních priorit. Svoji kapacitu v této oblasti UK navíc posiluje kolegiální spoluprací s dalšími vědecky silnými institucemi, zejména s ústavy Akademie věd ČR.

Předpokladem přijetí ke studiu v doktorském studijním programu je magisterské vzdělání ve stejném nebo blízkém oboru. Kromě svých vlastních absolventů UK samozřejmě vítá uchazeče, kteří získali vzdělání magisterské úrovně na jiných vysokých školách (včetně zahraničních). Dlouhodobé zkušenosti potvrzují úspěšnost těchto doktorandů. Více než dvě třetiny absolventů doktorského studia na UK pochází odjinud než z Prahy.

Univerzita Karlova systematicky sleduje zpětnou vazbu od absolventů doktorského studia, drtivá většina z nich – kolem 85 % – zpětně hodnotí své studium kladně.

Doktorské studium se uskutečňuje formou prezenční nebo kombinovanou. Standardní doba studia je většinou 4 roky, v některých případech 3 roky. Doktorandům nabízí univerzita široké možnosti ubytování na koleji, k dispozici je i alternativa společného ubytování rodinných příslušníků včetně malých dětí. Univerzita postupně rozšiřuje možnosti pomoci s péčí o děti pro doktorandy-rodiče. Doktorské studijní programy jsou přístupné i studentům se specifickými potřebami, pro něž univerzita provozuje široké spektrum asistenčních služeb. Doktorandům v prezenční formě studia je poskytováno stipendium, obvykle doplňované dalšími zdroji příjmů, např. odměnami za řešení vědeckých grantů anebo mzdou za příspěvek k výuce pregraduálních studentů.

Přihláška ke studiu doktorských studijních programů se zpravidla podává do 30. dubna (některé fakulty vyhlašují také 2. termín přijímacího řízení, ke kterému se přihlášky podávají do 30. listopadu). Více informací k přijímacímu řízení.

Přesné datum a další informace jsou vždy stanoveny v harmonogramu přijímacího řízení, který bývá počátkem kalendářního roku vydáván formou opatření rektora. Studium se řádně ukončuje státní doktorskou zkouškou a obhajobou disertační práce. Absolventům se uděluje akademický titul doktor (ve zkratce Ph.D. uváděné za jménem).